Ojcom, którzy zaraz po wojnie podjęli pierwsze kroki w celu osiedlenia się w Gdańsku, proponowano początkowo inne, podobnie zrujnowane kościoły na Siedlcach, Zaroślaku (Zbawiciela), albo nie zniszczony kościółek w Jelitkowie.
Prowadzący rozmowy z Administratorem Apostolskim diecezji, o. Józef Mańkowski, wybrał jednak dogodniej położony kościół świętego Józefa i 4 stycznia 1947 r., ojcowie otrzymali od Kurii Biskupiej pozwolenie na odbudowę kościoła i klasztoru. Na decyzje władz państwowych trzeba było czekać rok. Pismem z 13 stycznia 1948 r. Ministerstwo Administracji Publicznej wyraziło zgodę „na przekazanie w tymczasowy zarząd i użytkowanie Zgromadzeniu Ojców Oblatów Prowincji Polskiej, nieruchomości poklasztornych w Gdańsku, położonych przy ulicy Elżbietańskiej 9/10, oraz przy ulicy Podbielańskiej nr 12 i 13…”. 16 sierpnia wraca o. Majkowski, tym razem już jako dyrektor gdańskiej placówki i zaczyna pracę od przywrócenia do kultu szczęśliwie ocalałej kaplicy północnej, zwanej niegdyś Spowiednią, później Kaplicę Bractwa lub Matki Boskiej Szkaplerznej. Już 8 września 1948 r., odprawia w niej pierwszą Mszę św. W listopadzie przenosi się do krużganku, w którym powstają dwa pokoje, kuchnia i warsztat stolarski.
Wkrótce organizuje się Komitet Odbudowy Kościoła, którego prezeską jest Antonina Czyżewska. Zaczyna się usuwanie gruzów. Odbudowę prowadzą tzw. systemem gospodarczym. Kierował inż. Żebrowski, wspomagał ja i nadzorował ówczesny konserwator wojewódzki profesor Jan Borowski.
W 1949 r. odkopano piwnice i przykryto dachówkę część klasztoru. Rok później wspólnota oblacka w Gdańsku powiększyła się i czterech zakonników zamieszkało na piętrze odbudowanego skrzydła klasztoru. Do końca 1952 r. kościół otrzymał drzwi, okna i dach, a w przykrytym w prowizorycznym stropem wnętrzu umieszczono na nowym kamiennym ołtarzu obraz św. Józefa.
Uroczystość poświęcenia częściowo odbudowanego kościoła odbyła się 19 marca 1953 r.
Z różnych powodów dalsze prace się przeciągały. Dopiero w 1957 r. udało się pokryć cały klasztor ceramicznym dachem z wyjątkiem dużego refektarza, który doczekał się odbudowy szczytu i położenia dachu w rok później. W 1960 r. odtworzono w betonie gwiaździste sklepienie prezbiterium i wybudowano chór organowy.
W roku 1967 trwała odbudowa skrzydła północnego klasztoru, zakończona w 1970 r. położeniem sklepienia krużganku. W listopadzie tego roku okno w prezbiterium otrzymało witraż, zaprojektowany przez Barbarę Massalską. Przy odbudowie kościoła współpracowali architekci Leonard Tarszkiewicz i o. Alfons Kupka, oraz artysta plastyk Stanisław Mizerski.
Wielką pomoc w odbudowie zniszczonego kościoła, okazała ludność Gdańska pochodzenia polskiego. Pewna ciągłość wielowiekowej tradycji stanowią obchodzone uroczyście, coroczne ODPUSTY: świętego Józefa i Matki Bożej Szkaplerznej, połączone z rekolekcjami.
Dekretem Księdza Biskupa Ordynariusza Edmunda Nowickiego, z dniem 21 kwietnia 1964 r., w Kaplicy Matki Bożej Szkaplerznej, została ustanowiona Wieczysta Adoracja Najświętszego Sakramentu. Piękną monstrancję w kształcie łodzi pod żaglami do kaplicy Wieczystej Adoracji, ufundował proboszcz parafii św. Brygidy ks. prałat Henryk Jankowski.
Również od tego momentu w kaplicy Wieczystej Adoracji trwa stały dyżur Misjonarzy Oblatów w konfesjonale. Dziennie przez kaplicę przewija się od 500 do 1000 osób. W Roku Wielkiego Jubileuszu 2000 wyspowiadano ok. 100.000 penitentów z Gdańska i jego okolic.
W 1978 r., dzięki o. Rektorowi Józefowi Kamińskiemu, prezbiterium kościoła św. Józefa otrzymało nowy wystrój liturgiczny: ołtarz, tabernakulum, nastawa ołtarzowa, ambonka, posadzka.
Całość została uzupełniona w 2000 roku przez o. Superiora Bernarda Briksa nową ścianę elewacyjną w prezbiterium, na której umieszczona została w 2005 roku figura św. Józefa z Dzieciątkiem Jezus oraz piękny 5-metrowy krzyż z postacią Chrystusa, rzeźbioną w drewnie wg wzoru Wita Stwosza.
W latach 1980-87, kiedy superiorem i Rektorem kościoła był o dr Władysław Hirsz wymalowano cały kościół, założono ogrzewanie w kaplicy Wieczystej Adoracji, wyposażono w 3 nowe żyrandole, oraz dokonano remontu dachów kościoła i klasztoru.
W Jubileuszowym Roku 2000 z inicjatywy ojca Superiora domu i Rektora kościoła Bernarda Briksa, 27 marca tegoż roku J. Eks. Ks. Bp Zygmunt Pawłowicz wraz z oblackim misyjnym biskupem Polakiem J. Eks. Ks. Bpem Eugeniuszem Juretschko OMI poświęcili epitafium – pomnik ofiar, mieszkańców Gdańska, spalonych wraz z kościołem 27 marca 1945 r. w liczbie ponad stu osób przez żołnierzy Armii Czerwonej.
Odtąd kościół św. Józefa, jako miejsce pamięci i modlitw, stał się GDAŃSKIM SANKTUARIUM OFIAR NIELUDZKICH SYSTEMÓW.
Autorem i wykonawcą epitafium jest sopocka rzeźbiarka- artystka p. Emilia Kaus.
Podczas poświęcenia Ks. Bp. Zygmunt Pawłowicz wyraził życzenie:
„Niech Gdańskie Sanktuarium Ofiar Nieludzkich Systemów będzie miejscem modlitwy i zadumy, refleksji i przestrogi – ekumenicznym miejscem pamięci i pojednania”.
W 2002 roku Superiorem klasztoru i Rektorem kościoła został o. Paweł Ratajczyk. W tym czasie położono nowy dach na kościele i klasztorze, wykonano iluminację kościoła i Kaplicy Adoracji Najświętszego Sakramentu, zmieniono organy 11 głosowe na 23 głosowe, odnowiono i wyposażono Kaplicę Misyjną św. Eugeniusza, odnowiono niektóre witraże w kościele, umieszczono w prezbiterium nową figurę św. Józefa z Dzieciątkiem Jezus, zamontowano nowe kinkiety przy Drodze Krzyżowej. Pozostaje jeszcze wiele prac do wykonania, jak: malowanie kościoła, remont Kaplicy Adoracji, uporządkowanie placu przykościelnego, ogrzewanie kościoła itd., dzięki czemu ta czcigodna świątynia z każdym dniem stawać się będzie coraz piękniejsza.