Historia kościoła oraz związanych z nim obiektów, jest długa i urozmaicona. Składają się na nią dzieje budowli wznoszonych na tym terenie, przemiany architektury i wystroju, dzieje instytucji, do których należały, a także działających w nim ludzi.
Początkowo funkcjonował tutaj szpital i kaplica św. Jerzego. W XV w. osiedlili się tu „Biali Mnisi” z Zakonu Braci Najświętszej Maryi Panny z góry Karmel, zwani potocznie karmelitami.
Przenieśli się tu ze swojej pierwotnej siedziby na Młodym Mieście i wybudowali klasztor oraz kościół p.w. Najświętszej Maryi Panny, św. Eliasza i Elizeusza.
Obraz św. Józefa w ołtarzu głównym do 1945 roku
Obraz w ołtarzu głównym w latach 1945 – 2000
Figury w prezbiterium w latach 2000 – 2005
Obecna figura św. Józefa w prezbiterium